home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ BCI NET 2 / BCI NET 2.iso / archives / demos / misc / prosite.lha / Prosite / data / PDOC00691 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1995-03-04  |  2.9 KB  |  54 lines
  1. ***********************************************
  2. * Cyclic nucleotide-binding domain signatures *
  3. ***********************************************
  4.  
  5. Proteins that bind cyclic nucleotides (cAMP or cGMP) share a structural domain
  6. of about  120  residues  [1-3].  The  best  studied  of  these proteins is the
  7. prokaryotic catabolite  gene  activator  (also  known  as  the  cAMP  receptor
  8. protein) (gene  crp)  where  such  a  domain  is known to be composed of three
  9. alpha-helices and  a    distinctive   eight-stranded, antiparallel beta-barrel
  10. structure. Such a domain is known to exist in the following proteins:
  11.  
  12.  - Prokaryotic catabolite gene activator protein (CAP).
  13.  - cAMP-  and  cGMP-dependent  protein  kinases (cAPK and cGPK). Both types of
  14.    kinases contains two tandem copies of the cyclic nucleotide-binding domain.
  15.    The cAPK's  are composed of two different subunits: a catalytic chain and a
  16.    regulatory chain  which  contains both copies of the domain. The cGPK's are
  17.    single chain  enzymes that include the two copies of the domain in their N-
  18.    terminal section.  The nucleotide specificity of cAPK and cGPK is due to an
  19.    amino acid  in  the  conserved region of beta-barrel 7: a threonine that is
  20.    invariant in cGPK is an alanine in most cAPK.
  21.  - Vertebrate  cyclic nucleotide-gated ion-channels. Two such cations channels
  22.    have been  fully  characterized. One is found in rod cells where it plays a
  23.    role in  visual  signal transduction. It specifically binds to cGMP leading
  24.    to an opening of the channel and thereby causing a hyperpolarization of rod
  25.    neurons. In  olfactory epithelium  a similar, cAMP-binding, channel plays a
  26.    role in odorant signal transduction.
  27.  
  28. There are six invariant amino acids in this domain, three of which are glycine
  29. residues that  are thought to be essential for  maintenance  of the structural
  30. integrity of  the beta-barrel. We developed  two  signature patterns for  this
  31. domain.  The first pattern is located within beta-barrels 2 and 3 and contains
  32. the  first two  conserved  Gly. The second  pattern  is  located  within beta-
  33. barrels 6  and  7  and  contains  the third conserved Gly as well as the three
  34. other invariant residues.
  35.  
  36. -Consensus pattern: [LIVM]-[VIC]-x(2)-G-[DENQTA]-x-[GA]-x(2)-[LIVMFY](4)-x(2)-
  37.                     G
  38. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  39. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  40.  
  41. -Consensus pattern: [LIVMF]-G-E-x-[GAS]-[LIVM]-x(5,11)-R-[STAQ]-A-x-[LIVMA]-x-
  42.                     [STACV]
  43. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  44. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: Xanthomonas campestris xanB.
  45.  
  46. -Last update: October 1993 / First entry.
  47.  
  48. [ 1] Weber I.T., Shabb J.B., Corbin J.D.
  49.      Biochemistry 28:6122-6127(1989).
  50. [ 2] Kaupp U.B.
  51.      Trends Neurosci. 14:150-157(1991).
  52. [ 3] Shabb J.B., Corbin J.D.
  53.      J. Biol. Chem. 267:5723-5726(1992).
  54.